计算与进化生物学研究中心 2007年8月23日在北京成立。该中心的成立旨在加强北京地区生物学、数学、统计学和计算学科研人员的合作与交流。该中心起始阶段为跨单位、跨学科的开放性非实体机构，设立在中国科学院动物研究所。目前研究中心邀请了中科院动物研究所、中科院植物研究所、中科院北京基因组研究所、中科院遗传与发育生物学研究所、中科院微生物研究所、中科院数学与系统科学研究院应用数学研究所等机构的14名中国科学家作为中心成员；同时还邀请了英国伦敦大学学院、美国加州大学、美国北卡罗莱那州立大学、美国亚利桑那州立大学、美国杜克大学、瑞士伯尔尼大学、丹麦哥本哈根大学、欧洲生物信息研究所等机构的10位国外专家作为客座教授参与研究中心的合作与交流。

Publications from the Center:

• Zhang C, Zhang D-X, Zhu T, Yang Z (2011) Evaluation of a Bayesian coalescent method of species delimitation. Syst Biol: in press.
• dos Reis M, Yang Z (2011) Approximate likelihood calculation for Bayesian estimation of divergence times. Mol Biol Evol 28:2161­2172.
• Groussin M, Pawlowski J, Yang Z (2011) Bayesian relaxed clock estimation of divergence times in Foraminifera. Mol Phylogenet Evol 61:157-166.
• Leng L, Zhang DX  (2011) Measuring population differentiation using GST or D? A simulation study with microsatellite DNA markers under a finite island model. Mol Ecol 20:2494-2509.
• Yang Z, dos Reis M (2011) Statistical properties of the branch-site test of positive selection. Mol Biol Evol 28:1217-1228.
• Zhu T, Hu Y, Ma Z, Zhang D-X, Li T, Yang Z (2011) Efficient simulation under a population genetics model of carcinogenesis. Bioinformatics 27:837-843.
• Huang ZS, Zhang DX (2010) CVhaplot: a consensus tool for statistical haplotyping. Mol Ecol Resour 10:1066–1070.
• Yang Z, Rannala B (2010) Bayesian species delimitation using multilocus sequence data. Proc Natl Acad Sci USA 107:9264-9269.
• Huang ZS, Ji YJ, Zhang DX (2009) Internal algorithm variability and among-algorithm discordance in statistical haplotype reconstruction. Mol Ecol 18:1556-1559.
• Zhang DX, Yan LN, Ji YJ, Hewitt GM, Huang ZS (2009) Unexpected relationships of substructured populations in Chinese Locusta migratoria. BMC Evol Biol 9:144. doi:10.1186/1471-2148-9-144.
• Huang ZS，Ji YJ，Zhang DX (2008) Haplotype reconstruction for scnp DNA: a consensus vote approach with extensive sequence data from populations of the migratory locust (Locusta migratoria). Mol Ecol 17:1930-1947.