2021年5月6日，动物研究所魏辅文院士荣获2021年度分子生态学奖（Molecular Ecology Prize），以表彰魏辅文院士在濒危动物保护基因组学和保护宏基因组学领域的开创性工作和成就，这也是该奖项设立以来第一位获奖的中国科学家。该奖项是国际知名期刊Molecular Ecology编委会2005年创立，以表彰对分子生态学领域作出杰出贡献的科学家，每年奖励1位科学家。