根据2008年12月9日中国科技信息研究所发布的“2007年度中国科技论文统计结果”，2007年度SCI共收录中国科学院动物研究所为第一作者单位的文献259篇，其中论文238篇，按论文数量排序，在全国科研机构中排名第11位。2007年度动物研究所共有297篇SCI论文累计被引用731次，在全国科研机构中排名第16位。2007年MEDLINE（美国《医学索引》）收录中国科学院动物研究所为第一作者单位的论文128篇，在全国科研机构中排名第6位。2007年度动物研究所在生物学领域发表SCI论文182篇，排在全国第8位。在农学领域发表SCI论文13篇，列全国第18位。自2002年度以来，动物研究所发表SCI论文篇数已连续六年进入全国科研机构前20名，SCI被引篇数连续三年进入全国科研机构前20名，发表MEDLINE论文篇数连续两年进入全国科研机构前10名。