动物研究所科研论文产出持续提升。据中国科学技术信息所2009年1月发布的数据，按论文数量排序，2008年度SCI共收录中国科学院动物研究所为第一作者单位论文220篇，在全国科研机构中排名第18位。2008年MEDLINE（美国《医学索引》）收录中国科学院动物研究所为第一作者单位的论文114篇，在全国科研机构中排名第8位。根据中科院生物局2009年发布的“中国科学院生物类研究所论文与引文统计（2003-2008）”报告，在中科院二十多个生物类研究所中，动物所多项指标位居前列。（第3名，分数：3152）